Gernot Jöbstl wurde 1982 in Wolfsberg/Kärnten geboren. Sein Studium absolvierte er bei Prof. Klaus Lienbacher an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien. Während seiner Studienzeit war er Stipendiat des Herbert von Karajan Centrums Wien und der Tokyo Foundation.
Zahlreiche Kammermusikkonzerte bzw. Konzertreisen im In- und Ausland führten ihn u.a. nach Japan, Argentinien und Finnland. Als Substitut spielte er bei den Niederösterreichischen Tonkünstlern, den Wiener Symphonikern, der Wiener Staatsoper und den Wiener Philharmonikern.
Von 2006 bis 2009 war er als 1. Oboist an der Wiener Volksoper engagiert.
Seit 2010 ist Gernot Jöbstl 2. Oboist und Englischhornist im ORF Radio-Symphonieorchester Wien.